Die Qualität der Fertigarzneimittel wird produziert, deshalb gelten die GMP-Vorschriften und davor steht das Ausgangsmetrial für die Wirkstoffherstellung und der Wirkstoff selbst.  Dieser kann bei homöopathischen Arzneimitteln die Urtinktur bzw. die tiefst-herstellbare Potenz sein oder es folgen Potenzen nach nationalen Arzneibüchern und soweit harmonisiert nach Ph. Eur.

Pflanzliche Wirkstoffe werden nach Ph. Eur. Monographien oder betriebseigenen Vorschriften hergestellt und die Spezifikationen firmenintern nach Kriterien von monographierten Arzneistoffen abgefasst.

Die Fertigproduktherstellung erfolgt für Produkte beider Therapierichtungen nach den gleichen GMP-Vorschriften, wobei eine quantitative Wirkstoffbestimmung bei homöopathischen Arzneimitteln nach dem Markerkonzept im Vergleich zu Phytopharmaka entfällt.

Die Qualität von Phytopharmaka und Homöopathie unterliegt ansonsten den gleichen Anforderungen und beinhaltet keine Qualitätsunterschiede in der Produktion.